Audyt VAT w JST - co warto sprawdzić, zanim zrobi to organ podatkowy?

Data publikacji: 18-06-2026

Jednostki samorządu terytorialnego coraz częściej stają się przedmiotem szczegółowych kontroli podatkowych w zakresie podatku VAT. Błędy w odliczeniach, niewłaściwe rozpoznanie obowiązku podatkowego czy brak odpowiedniej weryfikacji dokumentów mogą skutkować koniecznością korekty deklaracji, odsetkami, a nawet dodatkowymi sankcjami. Audyt w tym zakresie pomaga w wykryciu nieprawidłowości i ich skorygowania w razie takiej potrzeby.

Podstawowym elementem każdego audytu powinna być weryfikacja dokumentów, w tym przypadku szczegółowa analiza faktur sprzedaży oraz zakupu.

Przy weryfikacji sprzedaży szczególną uwagę należy zwrócić na:

  • Poprawność wystawianych faktur. Należy zwrócić uwagę na to czy wystawiane faktury sprzedaży zawierają wszystkie wymagane ustawą elementy, czy są wystawiane prawidłowo, np. czy stosowane są prawidłowe stawki VAT. W przypadku transakcji zwolnionych z VAT czy podstawa zwolnienia jest wskazywana na fakturze.
  • Niecodzienne sytuacje. Jeśli sprzedaż podlega mechanizmowi podzielonej płatności, metodzie kasowej - czy takie elementy są uwzględniane. Kolejnym przypadkiem może być reverse charge - mechanizm odwrotnego obciążenia, czyli sytuacja, w której to JST jako nabywca zobowiązana jest do rozliczenia podatku należnego. Błędne rozpoznanie tego obowiązku to jedna z częściej identyfikowanych nieprawidłowości podczas kontroli.
  • W przypadku JST szczególnie ważne jest określenie czy dana sprzedaż powinna zostać udokumentowana fakturą, czy może notą. Przykładowo sprzedaż pomiędzy jednostkami gminy np.: pomiędzy urzędem a szkołą nie należy dokumentować fakturą – jest to sprzedaż w obrębie jednego podatnika, więc można udokumentować np.: notą obciążeniową. Z kolei przy sprzedaży na rzecz jednostki kultury jaką może być Gminny Ośrodek Kultury należy już wystawić fakturę i odpowiednio opodatkować transakcję. Jest to częsty problem w JST, dlatego tak ważne jest zrozumienie centralizacji VAT i rozróżnienie, które transakcje powinny podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT a które nie. Niektóre sprzedaże z pozoru mogą podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT, ale w przypadku JST nie będą, gdyż będzie to zadanie własne jednostki, dlatego tak ważne jest to rozróżnienie.

Po stronie zakupów kluczowymi elementami audytu staje się sprawdzenie:

  • Czy faktury są odliczane w prawidłowych okresach, czy nie za wcześnie ani za późno? Fakturę zakupu można najwcześniej odliczyć w okresie jej otrzymania, pod warunkiem, że u sprzedawcy powstał już obowiązek podatkowy.
  • Czy dany zakup został poprawnie zakwalifikowany jako środek trwały czy zakup pozostały. Ma to znaczenie dla prawidłowego rozliczenia podatku VAT oraz późniejszych korekt rocznych.
  • Czy prawidłowo stosowane są proporcje odliczeń. W przypadku JST jest to szczególnie ważne ze względu na dwubiegunowość prowadzonej działalności.
  • Czy kontrahenci są prawidłowo weryfikowani. Bardzo ważna jest weryfikacja kontrahenta pod takim kątem czy jest on podatnikiem VAT i miał prawo wystawić taką fakturę a JST ją odliczyć.
  • Czy faktury są opłacane w terminie. Jest to częste zagadnienie weryfikowane przez urząd skarbowy w razie czynności sprawdzających.

Dodatkową kwestią jest sprawdzenie poprawności wystawionej przez kontrahenta faktury, czy prawidłowo transakcja została opodatkowana, a może powinna podlegać zwolnieniu od podatku VAT. W przypadku JST kluczowe jest również wskazanie prawidłowego nabywcy. Kontrahenci często błędnie zamiast gminy wskazują jej jednostkę, np.: urząd.

Audyt powinien obejmować również sprawdzenie przygotowywanych deklaracji do rozliczenia podatku VAT: deklaracji VAT-7 cząstkowych wszystkich jednostek oraz scalonej całej JST, plików JPK_V7, czy są sporządzane w prawidłowych formatach, czy obejmują wszystkie elementy.

Dobrze przeprowadzony audyt VAT to nie tylko element bezpieczeństwa podatkowego, ale również istotne wsparcie dla prawidłowego zarządzania finansami jednostki samorządu terytorialnego.

 

Wiktoria Salwin
Kancelaria Wyrzykowscy

Niniejszy artykuł ma charakter wyłącznie informacyjny i nie stanowi porady prawnej, podatkowej ani jakiejkolwiek innej formy doradztwa. Wszelkie przedstawione w nim treści wyrażają osobiste poglądy autora oraz jego wiedzę na temat omawianych zagadnień. Autor ani wydawca nie ponoszą odpowiedzialności za ewentualne skutki wynikające z zastosowania się do informacji zawartych w artykule bez konsultacji z odpowiednim specjalistą.

Zadaj pytanie do artykułu

Wiadomość została wysłana. Dziękujemy!