Warto podkreślić, że Krajowy System e-Faktur już na etapie przygotowań do jego powszechnego stosowania budzi wiele emocji, wątpliwości i pytań po stronie przedsiębiorców. Dotyczy to nie tylko klasycznego obrotu B2B, ale również podmiotów o rozbudowanych strukturach organizacyjnych, w tym jednostek samorządu terytorialnego. W ich przypadku ryzyka i koszty operacyjne wdrożenia są dodatkowo wzmacniane przez centralizację rozliczeń VAT, wielość jednostek organizacyjnych, specyfikę uprawnień dostępowych oraz konieczność prawidłowego identyfikowania ról w fakturze ustrukturyzowanej (np. w zakresie „podmiotu trzeciego”). W efekcie nawet pozornie „techniczne” błędy w danych (jak nieprawidłowy NIP jednostki odbierającej) mogą przełożyć się na realne problemy z obiegiem dokumentów i wymuszać działania korygujące o skutkach w rozliczeniach JPK_V7.

11 lutego 2026 r. na wniosek gminy Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał interpretację indywidualną, w której odpowiedział na następujące pytania:

1. „Czy w przypadku wystawienia przez Gminę w systemie KSeF faktury dla innej JST zawierającej błędne lub niepełne dane dotyczące jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego, która wykazana byłaby na fakturze jako odbiorca w polu „podmiot trzeci” (czyli na fakturze podana byłaby błędna nazwa danej jednostki organizacyjnej JST lub błędny NIP stosowany przez nią jako płatnika PIT, albo NIP ten nie zostałby podany), to czy Gmina winna skorygować taką fakturę do zera i wystawić nową fakturę z prawidłowymi danymi?
2. W którym miesiącu Gmina jako sprzedawca winna ująć do rozliczenia VAT fakturę korygującą wystawioną w sytuacji, o której mowa w pytaniu nr 1, jeśli faktura korygująca nie została wystawiona w tym samym miesiącu co faktura pierwotna”?

Udzielając odpowiedzi, DKIS przywołał m.in. art. 106e ust. 1 UoVAT, który traktuje o elementach faktury. Należy tutaj zaznaczyć, że jednym z tych elementów nie są absolutnie dane odbiorcy – na co DKIS jednak w żadnym stopniu nie wskazuje. Organ podkreślił za to, że „W strukturze logicznej FA(3) zostało wprowadzone rozwiązanie, które polega na konieczności wypełnienia w elemencie Podmiot2 (tj. w danych nabywcy) znacznika JST. Każdy podatnik, który będzie wystawiał fakturę, będzie zobligowany do wskazania w niej, czy dotyczy ona jednostki podrzędnej JST. Odbywać się to będzie poprzez właściwe wypełnienie znacznika jednostki podrzędnej JST – tj. wskazanie „1” lub „2” w polu JST. W sytuacji, gdy wystawca faktury wskaże „1” – oznacza to, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. W takim przypadku, wystawca faktury powinien wypełnić sekcję Podmiot3, w szczególności podać NIP (lub identyfikator wewnętrzny w przypadku korzystania z modelu uprawnień wykorzystującego IDWew) i określić rolę jako „8”. Wartość „2”oznacza, że faktura nie dotyczy jednostki podrzędnej JST”.

Przywołano także art. 106j ust. 1 UoVAT, który traktuje o konieczności wystawienia faktury korygującej. Fakturę korygującą wystawia się m.in. w przypadku stwierdzenia pomyłki w jakiejkolwiek pozycji faktury (ust. 5).

DKIS wskazał, że faktura ma na celu udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział. „Oznacza to, że nie można uznać za prawidłową faktury, gdy sprzecznie z jej treścią wskazuje ona zdarzenie gospodarcze, które w ogóle nie zaistniało bądź zaistniało w innych rozmiarach albo między innymi podmiotami”.

 

Stanowisko DKIS

1. W przypadku podania błędnych lub niepełnych danych dotyczących JST, wskazanych w polu „podmiot trzeci” konieczne jest ich skorygowanie. Korekty tej należy dokonać na podstawie art. 106j ust. 1 pkt 5 UoVAT, tj. poprzez wystawienie faktury korygującej „zawierającej dane określone w art. 106j ust. 2 ustawy, w szczególności wskazującej jako przyczynę korekty błędne określenie danych w polu Podmiot3 oraz prawidłową treść korygowanych pozycji, czyli prawidłowe dane podmiotu trzeciego innego niż i nabywca wymieniony związany z fakturą. (…) Aby skorygować błąd związany z wystawieniem faktury na podmiot związany z fakturą z jego błędnymi bądź niepełnymi danymi, należy wystawić fakturę korygującą do zera oraz nową fakturę z poprawnymi danymi tego podmiotu. Jest to konieczne ze względu na uwarunkowania systemowe”.
2. Przyczyna zaistnienia korekty zaistniała już w momencie wystawienia pierwotnej faktury. Nie dochodzi do obniżenia podstawy opodatkowania, zmianie ulegają jedynie dane w polu Podmiot3. W związku z czym „W sytuacji, gdy korekta spowodowana jest przyczynami istniejącymi już w momencie wystawienia faktury pierwotnej, to powinna ona zostać rozliczona w deklaracji podatkowej za okres, w którym została wykazana faktura pierwotna. Sprzedawca powinien rozliczyć dokonaną sprzedaż zgodnie z momentem powstania obowiązku podatkowego dla danej sprzedaży”.

 

Podsumowanie

DKIS przedstawił dwa kluczowe założenia:

1. Nie wystarczy „prosta” korekta danych w polu „Podmiot3”. W przypadku błędu konieczna jest korekta „do zera” oraz wystawienie nowej faktury z prawidłowymi danymi.
2. Korekta rozliczana jest wstecz, tj. w okresie rozliczenia faktury pierwotnej, gdyż przyczyna korekty zaistniała już wtedy.

Oczekiwany przez DKIS sposób postępowania wynika z uwarunkowań systemowych KSeF oraz zasad identyfikacji podmiotów w strukturze logicznej FA(3). Rodzi to jednak pytanie o relację pomiędzy treścią przepisów a technicznymi ograniczeniami systemu. Dotychczas organy podatkowe podkreślały, że to przepisy prawa – a nie funkcjonalności oprogramowania – wyznaczają sposób postępowania podatnika, odrzucając argumenty o braku możliwości technicznych w systemach fakturowych.

Interpretacja stanowi więc ważny sygnał dla JST i innych podmiotów o złożonej strukturze organizacyjnej: w KSeF poprawność danych identyfikacyjnych – także tych formalnie „dodatkowych” – ma znaczenie nie tylko dowodowe, ale operacyjne i rozliczeniowe. Błąd w strukturze faktury może wymagać pełnej rekonstrukcji dokumentu i cofnięcia się do okresu powstania obowiązku podatkowego.

To podejście potwierdza, że w modelu obowiązkowego KSeF kluczowe staje się nie tylko prawidłowe rozliczenie VAT, ale również precyzyjne zarządzanie danymi w systemach finansowo-księgowych i ich integracja z KSeF.

 

Martyna Mikulska
Kancelaria Wyrzykowscy

Niniejszy artykuł ma charakter wyłącznie informacyjny i nie stanowi porady prawnej, podatkowej ani jakiejkolwiek innej formy doradztwa. Wszelkie przedstawione w nim treści wyrażają osobiste poglądy autora oraz jego wiedzę na temat omawianych zagadnień. Autor ani wydawca nie ponoszą odpowiedzialności za ewentualne skutki wynikające z zastosowania się do informacji zawartych w artykule bez konsultacji z odpowiednim specjalistą.

Wiadomość została wysłana. Dziękujemy!

Wyrażam zgodę na przetwarzanie przez Advaiso sp. z o. o. moich danych w celu udzielenia odpowiedzi na przesłane pytanie, zgodnie z zasadami określonymi w Polityce prywatności*

Wyślij

Zobacz także

• Wodny plac zabaw w gminie – odpłatny wstęp podlega VAT, a gmina odliczy podatek od inwestycji
• Prywatne rozmowy z telefonu służbowego a VAT – co na to sądy?
• JST użyczała pojazd, który planuje teraz sprzedać na złom – co z opodatkowaniem VAT? Wyrok WSA z 10.09.2025 r.
• Rekompensata dla spółki w formie wkładu własnego – ważny wyrok NSA w sprawie podatku VAT
• Nowelizacja ustawy o krajowym systemie cyberbezpieczeństwa a samorządowe jednostki organizacyjne
• Czy można dokonać odliczenia podatku VAT przed otrzymaniem faktury zakupu? - TSUE się wypowiedział!
• Nowe zasady ujmowania faktur korygujących in minus w związku z KSeF
• Umowa przetwarzania jako fundament bezpiecznego przetwarzania w każdym sektorze – lekcja z sektora kurierskiego w świetle wytycznych PUODO
• Nowa struktura pliku JPK_V7 już obowiązuje. O czym należy pamiętać?
• Jak ustalić proporcję odliczenia VAT dla „wydatków cmentarnych”?