Kontrola kwalifikowalności podatku VAT w projektach

Data publikacji: 03-07-2024

Korzystając z unijnych dofinansowań Samorządy zobowiązane są do składania oświadczeń w zakresie kwalifikowalności podatku VAT, w szczególności, gdy podatek ma zostać uznany za kwalifikowalny, tj. na pokrycie, którego JST może również otrzymać środki finansowe w ramach danego dofinansowania.


Kilka zdań o prawie do odliczenia podatku VAT a kwalifikowalności tego podatku w projekcie….

Dofinansowanie można uzyskać również na podatek VAT, gdy nie jest on możliwy do odzyskania, tj. nie jest możliwy do odliczenia w składanej deklaracji JPK_V7. Najprościej mówiąc, nie może dojść do sytuacji, w której JST zapłaci podatek VAT należny zawarty w otrzymanych w ramach projektu fakturach, następnie dokona odliczenia podatku VAT wynikającego z tych faktur (czyli urząd skarbowy zwróci VAT), a następnie jeszcze otrzyma dofinansowanie na wartość tego podatku.

W składanych oświadczeniach zauważamy wiele nieprawidłowości – dotyczą one zarówno niewłaściwej kolejności określania kwalifikowalności przez same JST, a także niejednoznacznych treści oświadczeń o kwalifikowalności VAT.

Najpierw należy określić czy JST przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT, jeśli tak to w jakiej części, czy może nie przysługuje ono w ogóle. W zależności od tego należy dopiero określić czy podatek w projekcie można kwalifikować, ewentualnie w jakiej części, czy też nie należy go kwalifikować w ogóle. Z naszego doświadczenia wynika niestety, że JST często uzależniają prawo do odliczenia od wcześniej kwalifikowanego podatku VAT – a ta kolejność jest niewłaściwa.

Kolejną kwestią jest treść oświadczeń do wypełniania których zobowiązane są JST chcące kwalifikować podatek.

  1. Część oświadczeń traktuje o prawie do odliczenia podatku VAT – Samorządy mają wskazać po prostu czy posiadają prawną możliwość takiego odliczenia. Bez względu na sam fakt jego dokonania czy nie dokonania. Posiadasz prawną możliwość – nie kwalifikujesz podatku.

  2. Zdarza się, że treść oświadczeń traktuje nie o prawie do odliczenia podatku VAT (możliwości dokonania takiego odliczenia), a o dokonaniu lub zamiarze jego dokonania. Wówczas pojawia się wątpliwość co autor miał na myśli, czy należy odnieść się do prawa do odliczenia czy do faktycznego zamiaru jego odliczenia bądź braku takiego zamiaru (mimo przysługującego prawa do odliczenia). Mimo takiej treści oświadczenia w umowie często mowa jest o sytuacji z pkt 1, a więc prawnej możliwości odliczenia. Często także druga część tego samego oświadczenia traktuje o sytuacji „a gdy pojawi się prawna możliwość odliczenia to wnioskodawca zobowiązany jest do zwrotu otrzymanego dofinansowania w tej części”. I tutaj pojawia się problem jak prawidłowo wypełnić takie oświadczenie.

Bolączką dla Samorządów jest również sytuacja, w której prawo do odliczenia podatku VAT kształtuje się np. na poziomie 3%, a zgodnie z zasadami udzielania dotacji, nawet przy częściowym prawie do odliczenia podatek VAT nie może być kwalifikowany w całości. Można się domyślać, że to zabezpieczenie ze strony instytucji dofinansowującej, gdyż przy prawie kształtowanym na poziomie współczynnika czy prewspółczynnika, który podlega corocznym zmianom dużo pracy kosztowałoby organ, aby weryfikować czy JST prawidłowo dokonuje zwrotów dofinansowań. Niestety dla JST oznacza to, że pozostały koszt podatku VAT (przykładowe 97%) ponosi we własnym zakresie. Częściowe prawo do odliczenia podatku i korekty wieloletnie/roczne to temat na odrębne rozważania.


Wytyczne w sprawie kwalifikowalności podatku VAT…

Fundusze europejskie – MFiPR wydał Wytyczne dotyczące kwalifikowalności wydatków na lata 2021-2027. Wytyczne zostały wydane na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 28 kwietnia 2022 r. o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021-2027 (Dz. U. poz. 1079). Podrozdział 3.5. poświęcony został podatkowi VAT. Szczególną uwagę zwrócić należy na następujące założenia:

  1. Podatek VAT w projekcie, którego łączny koszt jest mniejszy niż 5 mln euro może być kwalifikowalny, z zastrzeżeniem pkt 8 tego podrozdziału.

  2. Podatek VAT w projekcie, którego łączny koszt wynosi co najmniej 5 mln euro jest niekwalifikowalny, z zastrzeżeniem pkt 3 tego podrozdziału – chyba, że brak jest prawnej możliwości odliczenia podatku VAT, co potwierdzone zostaje oświadczeniem.

  3. Brak prawnej możliwości odliczenia podatku to sytuacja, gdy beneficjentowi ani żadnemu innemu podmiotowi zaangażowanemu w realizację projektu lub wykorzystującemu do działalności opodatkowanej produkty będące efektem realizacji projektu, zarówno w fazie realizacyjnej jak i operacyjnej, ani uczestnikowi projektu, czy innemu podmiotowi otrzymującemu wsparcie z EFS+ nie przysługuje prawo do odliczenie podatku VAT lub ubiegania się o zwrot tego podatku. Posiadanie tej prawnej możliwości wyklucza uznanie wydatku za kwalifikowalny, nawet jeśli faktyczny zwrot nie nastąpił (pkt 6 tego podrozdziału).

  4. Za posiadanie prawa do odliczenia podatku VAT nie uznaje się sytuacji, w które proporcja określona na dany rok nie przekracza 2%, a podatnik uznaje wówczas, że wynosi ona 0% (pkt 7 tego podrozdziału).

  5. W SZOP, regulaminie wyboru projektów lub umowie o dofinansowanie projektu IZ/IP/IW w ramach EFRR/FS/FST może wyłączyć możliwość kwalifikowania podatku VAT (pkt 8 tego podrozdziału). Każdy projekt może rządzić się własnymi prawami, czyli wprowadzać własne szczególne zasady kwalifikowania podatku VAT.


Kontrola kwalifikowalności podatku…

Nie ulega wątpliwości, że kwalifikowalność podatku VAT może zostać poddana kontroli zarówno na etapie realizacji projektu, jak i w fazie operacyjnej. W ramach kontroli beneficjent może zostać poproszony o udostępnienie danych dotyczących jego rozliczeń podatku VAT, w szczególności:

  1. informacje o rodzajach uzyskiwanych dochodów, określenie sposobu wykorzystywania efektów projektu – weryfikacja czy z danego projektu JST uzyskuje dochody,

  2. deklaracje podatkowe VAT podatnika, deklaracje cząstkowe jednostek czy ewidencje VAT – weryfikacja, czy w ewidencji VAT i deklaracji ujęte zostały kwoty dotyczące odliczeń VAT wynikających z faktur dotyczących kontrolowanego projektu,

  3. uzyskane interpretacje indywidualne lub wiążące informacje stawkowe związane z projektem – interpretacja lub WIS będą stanowiły dla JST wartość dodaną, gdy opisany w niej stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) będzie opisany zgodnie z rzeczywistym wykorzystaniem efektów projektu,

  4. informacje o wysokości proporcji VAT – w przypadku określenia częściowego prawa do odliczenia podatku.


Martyna Archacka
Kancelaria Wyrzykowscy

Niniejszy artykuł ma charakter wyłącznie informacyjny i nie stanowi porady prawnej, podatkowej ani jakiejkolwiek innej formy doradztwa. Wszelkie przedstawione w nim treści wyrażają osobiste poglądy autora oraz jego wiedzę na temat omawianych zagadnień. Autor ani wydawca nie ponoszą odpowiedzialności za ewentualne skutki wynikające z zastosowania się do informacji zawartych w artykule bez konsultacji z odpowiednim specjalistą.