Spory z organami podatkowymi w VAT — jak samorząd może się przygotować?

Data publikacji: 30-06-2026

Jednostki samorządu terytorialnego (JST) często mierzą się ze sporami z organem podatkowym w sprawie podatku VAT. Wynika to przede wszystkim z tego, że prowadzą działalność objętą podatkiem VAT oraz działalność wyłączoną z opodatkowania. Wymaga to identyfikowania czynności opodatkowanych i niepodlegających opodatkowaniu oraz odliczania podatku VAT wyłącznie w zakresie, w jakim nabywane towary i usługi są wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem VAT. Niejednokrotnie sposób interpretacji przepisów przyjmowany przez samorządy różni się od stanowiska organów podatkowych. W konsekwencji wiele spraw trafia na wokandę sądów administracyjnych.

Czego najczęściej dotyczą spory z organami podatkowymi?

Odliczenie podatku VAT od inwestycji samorządowych przekazywanych spółkom komunalnym

W praktyce samorządy często analizują możliwość odliczenia podatku VAT od inwestycji, które następnie są odpłatnie udostępniane spółkom komunalnym na podstawie umowy najmu lub dzierżawy. Inwestycje te mają nierzadko wielomilionową wartość, co powoduje istotne obawy związane z prawidłowością odliczenia podatku.

Wykorzystywanie inwestycji wyłącznie do celów dzierżawy może sugerować jej związek wyłącznie z działalnością opodatkowaną. Orzecznictwo wskazuje jednak, że symboliczny czynsz dzierżawny nie daje prawa do odliczenia podatku VAT od inwestycji o znacznej wartości. Wiele wniosków o wydanie interpretacji indywidualnej w tym zakresie kończy się odmową wydania interpretacji przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS).

Inwestycje pozostające w strukturach JST

Wątpliwości pojawiają się również przy odliczaniu VAT od inwestycji, które pozostają w ramach jednego podatnika, jakim jest JST. Dotyczy to m.in. obiektów sportowych – hal, pływalni czy siłowni – wykorzystywanych przez jednostki budżetowe.

Podobne problemy występują w przypadku oczyszczalni ścieków, sieci wodociągowych i kanalizacyjnych, gdy działalność wodociągowo-kanalizacyjna jest prowadzona przez urząd, jednostkę budżetową lub zakład budżetowy.

Coraz częściej można spotkać się z korzystnymi interpretacjami DKIS dotyczącymi tzw. prewspółczynnika VAT ustalanego metodą indywidualną. W praktyce jest on często oparty na ilości dostarczonej wody i odebranych ścieków w stosunku do zakupów związanych z działalnością wodociągowo-kanalizacyjną. Przy ustalaniu takiej proporcji istotne jest prawidłowe i obiektywne określenie danych. Należy pamiętać, że z infrastruktury wodociągowej korzystają również także takie obiekty gminne jak świetlice wiejskie czy jednostki ochotniczych straży pożarnych.

Praktyka pokazuje jednak, że przepisy są interpretowane w różny sposób. Kluczowe znaczenie ma ocena, czy przyjęta przez podatnika metoda kalkulacji prewspółczynnika jest bardziej reprezentatywna, czyli lepiej odzwierciedla specyfikę prowadzonej działalności i dokonywanych nabyć. Kwestia ta bywa odmiennie oceniana przez samorządy i organy podatkowe.

Z tego względu wiele JST decyduje się na złożenie wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, a w przypadku niekorzystnego rozstrzygnięcia – na skierowanie sprawy do sądu.

Sprzedaż nieruchomości

Spory z organami podatkowymi dotyczą również sprzedaży nieruchomości gminnych.

Jednym z przykładów jest sprzedaż działek, na których znajdują się słupy energetyczne, odcinki sieci energetycznych lub innych sieci przesyłowych należących do przedsiębiorstw przesyłowych.

Z podatku VAT zwolniona jest sprzedaż terenów niezabudowanych innych niż tereny budowlane. W wydawanych interpretacjach DKIS przyjmuje, że sieci przesyłowe stanowią budowle w rozumieniu prawa budowlanego. Jednocześnie samorząd sprzedaje wyłącznie grunt, a nie budowle, które nadal pozostają własnością przedsiębiorstwa przesyłowego.

W konsekwencji, zdaniem DKIS, działka jest zabudowana i nie może korzystać ze zwolnienia przewidzianego dla terenów niezabudowanych. Nie znajduje również zastosowania zwolnienie dotyczące budynków i budowli, ponieważ przedmiotem sprzedaży jest wyłącznie grunt.

Sądy administracyjne prezentują jednak bardziej elastyczne podejście. Wskazują, że przy interpretacji przepisów należy uwzględniać przede wszystkim stan faktyczny i gospodarczy charakter transakcji. W określonych przypadkach obiekty znajdujące się na gruncie mogą nie mieć decydującego znaczenia dla oceny, czy grunt należy uznać za zabudowany.

Dlatego pomimo istnienia określonych obiektów na działce, analiza ekonomicznego celu transakcji może prowadzić do wniosku, że przedmiotem sprzedaży jest teren niezabudowany korzystający ze zwolnienia z VAT, o ile nie stanowi terenu budowlanego.

Inne obszary sporów

Wątpliwości, z jakimi spotykają się samorządy w kwestii podatku VAT można mnożyć. Przykładowo dotyczą one podstawy opodatkowania podatkiem VAT przy zamianie nieruchomości, przeznaczenia uzupełniającego wynikającego z miejscowego planu zagospodarowanie przestrzennego (czy przesądza o budowlanym charakterze działki), opodatkowanie podatkiem VAT tzw. rekompensat, ustalenie stawki VAT dla usług związanych z obiektami sportowymi (działalność miejskich ośrodków sportu i rekreacji).

Jak samorządy mogą przygotować się do sporu z organem podatkowym?

Stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej często zmienia się pod wpływem orzeczeń sądów administracyjnych. Dobrym przykładem są projekty związane z usuwaniem azbestu, budową przydomowych oczyszczalni ścieków, instalacją odnawialnych źródeł energii czy opodatkowaniem opłat za przekształcenie prawa użytkowania wieczystego w prawo własności.

Dla samorządów istotnym wyzwaniem jest bieżące monitorowanie interpretacji podatkowych i orzecznictwa. Może się bowiem okazać, że przyjęte jeszcze niedawno stanowisko nie jest już aktualne.

Z uwagi na rozbieżności w orzecznictwie oraz interpretacjach Dyrektora KIS, JST często występują o wydanie interpretacji indywidualnej lub wiążącej informacji stawkowej. W przypadku niekorzystnego stanowiska organu sprawa trafia do sądu administracyjnego.

Przed rozpoczęciem świadczenia nowych usług albo realizacją inwestycji samorządowych należy przeanalizować przepisy dotyczące podatku VAT, wiążące informacje stawkowe, dostępne orzecznictwo. W wielu przypadkach zasadne może być również wystąpienie o własną interpretację indywidualną albo wiążącą informację stawkową.

Warto także pamiętać, że w przypadku przeprowadzenia kontroli podatkowej JST przysługuje prawo do wniesienia zastrzeżeń do protokołu kontroli. Jeżeli organ ich nie uwzględni, a samorząd nie skoryguje deklaracji podatkowych, należy spodziewać się wszczęcia postępowania podatkowego.

Postępowanie kończy się wydaniem decyzji, od której przysługuje odwołanie. Następnie możliwe jest wniesienie skargi do sądu administracyjnego.

W sporach dotyczących VAT kluczowe znaczenie ma odpowiednie przygotowanie argumentacji już na etapie planowania inwestycji lub kontroli podatkowej. Dobrze przygotowana argumentacja może bowiem doprowadzić do zakończenia sporu jeszcze przed skierowaniem sprawy na drogę sądową może ograniczyć ryzyko wieloletnich sporów z organem podatkowym i zwiększa szanse na obronę stanowiska JST.

Paweł Czaplicki

Doradca Podatkowy
Kancelaria Wyrzykowscy

 

Niniejszy artykuł ma charakter wyłącznie informacyjny i nie stanowi porady prawnej, podatkowej ani jakiejkolwiek innej formy doradztwa. Wszelkie przedstawione w nim treści wyrażają osobiste poglądy autora oraz jego wiedzę na temat omawianych zagadnień. Autor ani wydawca nie ponoszą odpowiedzialności za ewentualne skutki wynikające z zastosowania się do informacji zawartych w artykule bez konsultacji z odpowiednim specjalistą.

Zadaj pytanie do artykułu

Wiadomość została wysłana. Dziękujemy!