Krajowy System e-Faktur (KSeF) od 1 lutego 2026 r. stanie się obowiązkowym narzędziem wystawiania i odbioru tzw. faktur ustrukturyzowanych w formacie XML. Zgodnie z ustawą o VAT, obowiązek ten obejmie etapami wszystkich podatników – już od 1 lutego każdy podatnik, w tym każda JST będzie musiała być gotowana na odbiór faktur od największych podatników właśnie przez KSeF.
W praktyce z dużym prawdopodobieństwem dojdzie zapewne do sytuacji, w których faktury zostaną wystawione poza KSeF, mimo że sprzedawca był już objęty obowiązkiem korzystania z systemu w zakresie wystawiania faktur (tym bardziej w okresie odroczenia kar).
Pojawia się więc pytanie: czy nabywca, który otrzyma taką fakturę, zachowa prawo do odliczenia VAT naliczonego?
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w najnowszych interpretacjach z października 2025 r. (sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.833.2025.2.ALN oraz sygn. 0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA) jednoznacznie potwierdził, że prawo do odliczenia podatku VAT przysługuje również w przypadku faktur wystawionych i odebranych poza KSeF, pod warunkiem, że spełnione są ogólne przesłanki odliczenia określone w art. 86 ustawy o VAT.
Organ wskazał, że: „Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy”.
Zasadnicze znaczenie ma więc rzeczywisty charakter transakcji – faktura, nawet jeśli została wystawiona nieprawidłowo technicznie, nadal stanowi dowód dokumentujący rzeczywiste zdarzenie gospodarcze, o ile odpowiada faktycznej dostawie towaru lub wykonaniu usługi.
Neutralność podatku VAT a wymogi formalne
Podatek VAT ma być neutralny dla przedsiębiorcy, który nabywa towary/usługi wykorzystywane do czynności opodatkowanych. Ograniczenie tego prawa może wynikać wyłącznie z wyraźnych przepisów ustawowych – a brak wystawienia faktury w KSeF nie jest taką przesłanką.
Rola faktury
Jak wskazał DKIS: „celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział. Z powyższego wynika, że o prawidłowości faktur wystawianych i otrzymywanych przez podatników powinny decydować przede wszystkim ustalenia, czy dokumenty te potwierdzają rzeczywiste transakcje handlowe między określonymi podmiotami”.
I dalej także, że: „Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego”.
Zakres odpowiedzialności podatnika
Warto zwrócić uwagę, że obowiązek wystawienia faktury w KSeF spoczywa na sprzedawcy, a nie na nabywcy. Nabywca nie jest zobowiązany do weryfikacji, czy jego kontrahent miał obowiązek użycia systemu.
Sankcje za niewystawienie faktury w KSeF
Nieprzesłanie faktury do KSeF, mimo obowiązku, może skutkować karą pieniężną nałożoną na wystawcę dokumentu – zgodnie z art. 106ni ustawy o VAT. Kara ta jednak nie dotyczy nabywcy i nie wpływa na jego prawo do odliczenia podatku naliczonego.
Podsumowanie
Zarówno w świetle przepisów, jak i aktualnych interpretacji DKIS, należy uznać, że:
-
prawo do odliczenia VAT z faktury wystawionej poza KSeF przysługuje, jeśli transakcja rzeczywiście miała miejsce i spełnia materialne przesłanki odliczenia,
-
brak przesłania faktury do KSeF jest uchybieniem po stronie sprzedawcy, które może skutkować sankcją dla sprzedawcy, ale nie odbiera prawa do odliczenia nabywcy,
-
ustawa o VAT nie zawiera negatywnej przesłanki, która wyłączałaby możliwość odliczenia w takiej sytuacji.
Stanowisko organów potwierdza, że KSeF nie zmienia zasad prawa do odliczenia VAT, a jedynie wprowadza nowy standard techniczny w zakresie wystawiania i obiegu faktur.
Martyna Mikulska
Kancelaria Wyrzykowscy
Niniejszy artykuł ma charakter wyłącznie informacyjny i nie stanowi porady prawnej, podatkowej ani jakiejkolwiek innej formy doradztwa. Wszelkie przedstawione w nim treści wyrażają osobiste poglądy autora oraz jego wiedzę na temat omawianych zagadnień. Autor ani wydawca nie ponoszą odpowiedzialności za ewentualne skutki wynikające z zastosowania się do informacji zawartych w artykule bez konsultacji z odpowiednim specjalistą.