Przekazywanie infrastruktury oraz zasady finansowania spółek komunalnych przez JST to dwa najbardziej zapalne obszary w relacjach JST - spółka, w których restrykcyjne podejście fiskusa i sądów grozi utratą milionowych odliczeń VAT lub koniecznością zapłaty zaległego podatku.
W relacjach między jednostkami samorządu terytorialnego a podległymi im spółkami (wodociągowymi, transportowymi czy komunalnymi) dochodzi do stałego styku dwóch odrębnych światów podatkowych. Choć oba podmioty realizują wspólny cel – zaspokajanie potrzeb lokalnej społeczności – urzędy skarbowe traktują je jako niezależnych przedsiębiorców.
Analiza bieżących linii interpretacyjnych oraz orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego i Trybunału Sprawiedliwości UE pozwala wyodrębnić dwa główne obszary, w których ryzyko podatkowe w zakresie VAT w JST oraz podległych podmiotach jest obecnie najwyższe.
1. Przekazywanie infrastruktury
To klasyczny scenariusz, JST realizuje kosztowne inwestycje samorządowe (np. buduje sieć wodno-kanalizacyjną lub oczyszczalnię), pozyskuje dotację, odlicza podatek naliczony na podstawie art. 86 ust. 1 UoVAT, a następnie przekazuje wybudowany majątek spółce komunalnej w celu zarządzania nim. Sposób i forma prawna tego transferu decydują o tym, czy JST zachowa prawo do odliczenia, czy zostanie zmuszona do bolesnego zwrotu podatku.
Dzierżawa - ustanowienie dzierżawy pozwala JST zachować związek zakupu z prowadzeniem działalności opodatkowanej (pobierany czynsz jest obrotem opodatkowanym VAT). Fiskus masowo kwestionuje jednak umowy, w których czynsz ustalono na symbolicznym, nierynkowym poziomie. Orzecznictwo i interpretacje jednoznacznie wskazują, że ustalenie symbolicznego czynszu przy wielomilionowej inwestycji może zostać uznane za nadużycie prawa i próbę sztucznego wykreowania prawa do odliczenia VAT.
Aport - wniesienie infrastruktury jako wkładu niepieniężnego (aportu) w zamian za udziały w spółce stanowi odpłatną dostawę towarów w rozumieniu art. 5 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 7 ust. 1 UoVAT i podlega opodatkowaniu. Wniesienie infrastruktury (np. sieci ciepłowniczej czy wodno-kanalizacyjnej) jako aportu do spółki komunalnej w zamian za udziały to standardowa procedura gospodarcza. Przez lata fiskus uznawał każdy taki aport za odpłatną dostawę towarów podlegającą opodatkowaniu VAT. Najnowsze wyroki sądów całkowicie jednak zburzyły ten jednolity obraz, wprowadzając ogromną niepewność. Sądy zaczęły dostrzegać, że jeśli wniesienie majątku realizuje zadania własne gminy (np. budownictwo mieszkaniowe za pośrednictwem SIM lub zbiorowe zaopatrzenie w wodę), a transakcja ma charakter non-profit i odbiega od realiów rynkowych, to gmina nie działa jako podatnik VAT, lecz jako organ władzy publicznej (na mocy art. 15 ust. 6 UoVAT).
Potwierdzają to wyroki:
- WSA w Olsztynie (wyrok z 22 stycznia 2025 r., sygn. I SA/Ol 446/24) oraz WSA w Gdańsku (wyrok z 18 marca 2025 r., sygn. I SA/Gd 1031/24): sądy zgodnie orzekły, że wnosząc aport nieruchomości na rzecz Społecznych Inicjatyw Mieszkaniowych (SIM), gmina nie wykonuje czynności charakterystycznej dla obrotu gospodarczego. Działa bez nastawienia na zysk i realizuje obowiązki publiczne, co oznacza brak opodatkowania VAT.
- WSA w Poznaniu (wyrok z 21 marca 2024 r., sygn. I SA/Po 821/23) - sąd uznał stanowisko gminy za prawidłowe, wskazując, że wniesienie aportu do spółki wodociągowo-kanalizacyjnej, której gmina jest jedynym właścicielem i która jest jej całkowicie podporządkowana, nie służyło dokapitalizowaniu, lecz realizacji zadania własnego. Wynik? Brak VAT.
Gdzie zatem tkwi haczyk? Fiskus natychmiast wyłapuje niuanse, które mogą obalić tę linię obrony, co idealnie obrazuje wyrok WSA w Rzeszowie z 4 grudnia 2025 r. (sygn. I SA/Rz 485/25). W tej sprawie gmina wniosła aportem sieć ciepłowniczą do spółki, która wcześniej tę sieć od niej dzierżawiła. Sąd uznał, że skoro gmina była już wcześniej w klasycznym stosunku zobowiązaniowym (cywilnoprawnym), to zmiana formy umowy na aport oznacza, że gmina działa jak przedsiębiorca. Co gorsza, sąd podkreślił, że nie była to spółka celowa, a gmina nie zastrzegła, że usługi będą świadczone wyłącznie na rzecz lokalnej ludności i nie będą dotyczyć osób trzecich. Efekt? Nakaz opodatkowania aportu podatkiem VAT.
2. Rekompensata
Drugim krytycznym obszarem są regularne transfery pieniężne, za pomocą których JST zasilają budżety swoich spółek celowych (głównie operatorów transportu publicznego, ale mechanizm ten dotyczy też innych branż komunalnych). Urzędy skarbowe przez lata próbowały opodatkować te środki na podstawie art. 29a ust. 1 UoVAT, twierdząc, że dopłaty pokrywające straty przewoźników bezpośrednio obniżają ceny biletów dla mieszkańców, a więc stanowią element obrotu.
W tym miejscu doszło do absolutnego tąpnięcia na korzyść samorządów. Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku z 8 maja 2025 r. (sprawa C-615/23) ostatecznie odrzucił pro fiskalną argumentację urzędów skarbowych.
Kluczowe wnioski z ww. wyroku TSUE to:
- TSUE kategorycznie odrzucił możliwość zrównania rekompensaty z zapłatą za usługę. Przekazanie środków za realizację obowiązków publicznych nie jest relacją wzajemną ze spółką.
- rekompensata wypłacana przewoźnikowi ma charakter zryczałtowany i zależy od liczby oferowanych wozokilometrów – a nie od liczby przewiezionych osób, struktury sprzedanych biletów czy faktycznych wpływów. Tym samym nie jest to „subwencja bezpośrednio związana z ceną” w rozumieniu dyrektywy VAT.
- sam fakt, że dzięki dopłacie ceny biletów są niższe (gdyby nie ona, musiałyby drastycznie wzrosnąć), nie oznacza automatycznie, że mamy do czynienia z subwencją zwiększającą podstawę opodatkowania VAT. Finansowanie strat wynikających z nałożonych obowiązków publicznych pozostaje poza VAT, nawet jeśli dotyczy działalności odpłatnej.
Jak skutecznie zabezpieczyć interesy JST i spółki?
Najnowsze orzecznictwo wprowadza rewolucyjne zmiany w obszarze rozliczeń VAT samorządów oraz współpracy na linii JST - spółka. Z jednej strony, sądy otwierają drogę na bezpodatkowy aport infrastruktury, z drugiej – wcześniejsza dzierżawa tego samego majątku może dać fiskusowi potężny argument do opodatkowania transakcji. Równolegle, wyroki dają samorządom silną tarczę chroniącą rekompensaty do usług spółek celowych przed podatkiem VAT. Granica między wielomilionowymi oszczędnościami a ryzykiem sporu z urzędem skarbowym zależy jednak od precyzyjnych zapisów w umowach, dlatego nasza kancelaria oferuje kompleksowe wsparcie w bezpiecznym modelowaniu tych relacji. Przeprowadzany przez nas audyt VAT w JST pozwala z góry wyeliminować błędy, zapewniając bezpieczeństwo podatkowe zarówno JST, jak i podległych im spółkom komunalnym.
Olga Grabowska
Kancelaria Wyrzykowscy
Niniejszy artykuł ma charakter wyłącznie informacyjny i nie stanowi porady prawnej, podatkowej ani jakiejkolwiek innej formy doradztwa. Wszelkie przedstawione w nim treści wyrażają osobiste poglądy autora oraz jego wiedzę na temat omawianych zagadnień. Autor ani wydawca nie ponoszą odpowiedzialności za ewentualne skutki wynikające z zastosowania się do informacji zawartych w artykule bez konsultacji z odpowiednim specjalistą.
Zadaj pytanie do artykułu